Il se lia ensuite avec deux nobles allemands qui le firent entrer à l'Académie militaire de Munich.

Entre 1776 et 1783, il servit comme officier dans l'armée autrichienne avant de démissionner et de rentrer en France où il reprit du service comme architecte.

 

En 1792, il fut nommé lieutenant-colonel d'une régiment de volontaires du Haut-Rhin.  S'illustrant lors de la défense de Mayence, il fut promu général de brigade en août 1793.

Envoyé en Vendée, il y remporta les victoires de Cholet, du Mans et de Savenay qui détruisirent totalement l'Armée catholique et royale des Vendéens.

Désapprouvant la guerre totale livrée en Vendée et méprisant les généraux républicains, il demanda son transfert dans l'armée de Sambre-et-Meuse où il servit magnifiquement sous Jourdan, commandant par exemple l'aile gauche française lors de la victoire de Fleurus du 26 juin 1794.

 

Doté d'un caractère difficile, il refusa tous les commandements qui lui furent proposés en 1796, démissionna et passa l'année 1797 en non-activité.

 

Remarqué par Bonaparte, il suivit ce dernier en Egypte.  Il fut d'ailleurs blessé en juillet 1798 lors de la prise d'Alexandrie.

Il s'illustra encore à Jaffa, Gaza, Saint-jean-d'Acre et fut pour beaucoup dans la victoire du mont Thabor.

 

Le 22 août 1799, lorsque Bonaparte abandonna l'Egypte pour rejoindre la France, il y laissa Kléber avec le rang de commandant en chef.

Laissé sans moyens et en colère contre Bonaparte qu'il accusa de désertion, Kléber signa, le 24 janvier 1800, la convention d'El Arich avec les Anglais.

 

L'ennemi ne respectant pas le traité, Kléber reprit les armes, infligea une énorme défaite à une puissante armée turque, le 20 mars 1800, à Héliopolis, puis récupéra la ville du Caire, le 21 avril.

 

Le 14 juin 1800, il fut frappé de plusieurs coups de poignard par un fanatique musulman du nom de Soleyman. 

Jugé et condamné, ce dernier eut la main droite coupée et fut empalé.